Publications without Fulltext
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14288/3
Browse
706 results
Filters
Advanced Search
Filter by
Settings
Search Results
Publication Metadata only Before the West: The Rise and Fall of Eastern World Orders(International Relations Council of Turkey, 2024) N/A; Barıt, Hasan Basri; Graduate School of Social Sciences and HumanitiesIn the last decade, there has been a growing interest in Global International Relations (IR), which calls for a non-Western approach to IR, an endeavor that has produced several books and articles. One recent such work is Before the West: The Rise and Fall of Eastern World Orders by Ayşe Zarakol in 2022. This book differs from other studies on Global IR with its alternative narrative based on the Chingissid world order, which challenges Eurocentrism from an Asian angle with the help of the IR terminology that we use today.Publication Metadata only Determination of factors affecting school life of children aged 7-12 with Type 1 Diabetes: a sample of a university hospital(Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi, 2024) İkiz, Hediye; N/A; Semerci, Remziye; School of NursingAim: This research aims to investigate the factors influencing the school experiences of children with Type 1 Diabetes. Material and Methods: The descriptive and cross-sectional study was conducted with 100 children aged 7-12, diagnosed with Type 1 diabetes mellitus. Research data was collected using the \"Diabetes Management at School: Child Questionnaire.\" Descriptive statistics and chi-square tests were used for data analysis. Results: There is a relationship between children's age and receiving assistance with insulin pump application at school (t=21.782, p<0.05). There was no significant relationship between children's HbA1c levels and missing school due to diabetes-related issues (t=0.410, p>0.05). A significant relationship was found between the age at first diabetes diagnosis and missing school due to diabetes- related issues (t=5.141, p<0.05). There is a significant relationship between children's HbA1c levels and experiencing failure at school due to diabetes (t= 16.504, p<0.05). A significant relationship exists between children's age at first diabetes diagnosis and experiencing failure at school due to diabetes (t=16.504 (p<0.05). Conclusion: 50% of those diagnosed with diabetes between ages 0-5 had to miss school due to diabetes-related reasons. 75% of those with poor HbA1c levels experienced failure at school due to diabetes. Children diagnosed with diabetes before the age of five experienced more failure at school. This study concludes that HbA1c level and age at diagnosis are significant factors affecting a child's school attendance and performance. Education planning for the child, family, and school personnel, active involvement of school nurses in education planning, and implementing education programs from the time of diagnosis are recommended./ÖZ Amaç: Bu araştırmanın amacı Tip 1 diabetes mellitus tanılı çocukların okul yaşantısını etkileyen faktörlerin incelenmesidir. Gereç ve Yöntemler: Tanımlayıcı ve kesitsel tipteki çalışma, Tip 1 Diyabet tanılı 7-12 yaşındaki 100 çocukla yürütüldü. Araştırma verileri “Okulda Diyabet Yönetimi: Çocuk Soru Formu” ile toplandı. Verilerin değerlendirilmesinde tanımlayıcı istatistikler ve ki-karetestleri kullanıldı.Bulgular: Çocukların yaşı ile okulda insülin pompa uygulamasında yardım alma durumu arasında bir ilişki vardır (t=21.782, p<0.05). Çocukların HbA1c düzeyi ile diyabete bağlı okula ara verme/devamsızlık yapma durumları arasında anlamlı bir ilişki yoktu (t=0.410, p>0.05). Çocukların ilk diyabet tanı alma yaşı ile diyabete bağlı okula ara verme / devamsızlık yapma durumları arasında anlamlı bir ilişki vardı (t=5.141, p<0.05). Çocukların HbA1c düzeyi ile diyabete bağlı okulda başarısızlık yaşama durumları arasında anlamlı bir ilişki vardı (t= 16.504, p<0.05). Çocukların ilk diyabet tanı alma yaşı ile diyabete bağlı okulda başarısızlık yaşama durumları arasında anlamlı bir ilişki vardı (t=16.504 (p<0.05). Sonuç: İlk diyabet tanısını 0-5 yaş arasında alanların %50’si diyabete bağlı olarak okula ara verme/devamsızlık yaptığı belirlendi. HbA1c düzeyi kötü olanların ise %75’ inin diyabete bağlı olarak okulda başarısızlık yaşadıkları belirlendi. İlk diyabet tanı alma yaşı beş yaşından daha erken olan çocukların okulda başarısızlık yaşama durumları daha fazla idi. Bu çalışma sonucunda HbA1c değeri ve tanı alma yaşının, çocuğun okula devamsızlık süresini ve okuldaki başarısını etkileyen önemli faktörler olarak belirlenmiştir. Çocuğa, aileye ve okul personellerine eğitim planlanması, eğitim programı ve danışmanlık konularında okul hemşirelerinin aktif rol alması ve eğitim programlarının tanı anından itibaren uygulanması önerilmektedir.Publication Metadata only RNA sequencing data with machine learning and deep learning usage: A methodological study(Türkiye Klinikleri Yayınevi, 2024) N/A; Öztornacı, Ragıp Onur; Koç University Research Center for Translational Medicine (KUTTAM); N/AAmaç: Bu çalışmanın amacı, klasik istatistiksel yaklaşımlar yerine RNA sekanslama verilerini analiz etmek için popüler makine öğrenimi ve derin öğrenme yöntemlerini kullanarak farklı bir perspek- tif sunmaktır. Ayrıca makine öğrenimi ve derin öğrenme konularında bilgi sağlamaktır. Gereç ve Yöntemler: Makine öğrenimi ve derin öğrenme yöntemlerini kullanarak, astım ve böbrek transplantasyonuna ait iki farklı ham veri seti (GSE85567 ve GSE129166) “National Center for Biotechnology Information” veri tabanından indirilmiş ve gerekli kalite kontrol ve hizalama prosedürlerinden geçirilmiştir. Has- ta-kontrol ayrımını elde etmek için rastgele orman [random forest (RF)], destek vektör makineleri [support vector machines (SVM)] ve derin sinir ağları [deep neural networks (DNN)] modelleri uygulan- mıştır. Tüm veri setleri aşırı uyumu önlemek amacıyla %67,5 eğitim, %10 test ve %22,5 doğrulama verisi olarak bölünmüş ve modellerin eğitim aşamalarında 10-katlı çapraz geçerlilik kullanılmıştır. Makine öğrenimi ve derin öğrenme için Python programlama dili ve veri iş- leme için Unix işletim (AT&T Bell Laboratuvarları, ABD) sistemi kullanılmıştır. Bulgular: GSE129166 veri setinde RF modelinin validasyon setinde elde ettiği doğruluk oranı 0,89 olarak hesaplanmış- tır. Bu modelin hassasiyeti 0,88 ve duyarlılığı 0,92 olarak belirlenmiş- tir. SVM modeli validasyon setinde elde ettiği doğruluk oranı 0,88 olarak ölçülmüş, test setinde ise 0,87 olarak belirlenmiştir. GSE85567 veri seti için RF modelinin validasyon setinde doğruluk oranı 0,73 olarak ölçülmüştür. SVM için validasyon setinde doğruluk oranı 0,70 olarak ölçülmüş, DNN için ise 0,75 olarak ölçülmüştür. Sonuç: GSE85567 veri seti üzerinde yapılan çalışma, RF ve SVM modelleri- nin yüksek doğruluk ve performans sergilediğini göstermektedir. DNN modeli ise daha dengeli bir hassasiyet ve duyarlılık oranına sahip olup, önemli bir alternatif olarak gözlemlenmiştir. Üç modelin RNA-sekanslama verileri için hasta-kontrol sınıflaması için uygun olduğu sonucuna varılmıştır./ABSTRACT Objective: The aim of this study is to provide a different perspective on the analysis of RNA sequencing data by employing popular machine learning and deep learning methods, rather than classical statistical approaches. Additionally, it aims to provide insights into machine learning and deep learning concepts. Material and Methods: Utilizing machine learning and deep learning techniques, two distinct raw datasets pertaining to asthma and kidney transplantation (GSE85567 and GSE129166) were retrieved from the National Center for Biotechnology Information database and subsequently subjected to requisite quality control and alignment procedures. Random forest (RF), support vector machines (SVM), and deep neural networks (DNN) models were implemented to achieve patient-control differentiation. To prevent overfitting, all data sets were divided into 67.5% training, 10% testing, and 22.5% validation data, and 10-fold cross-validation was employed during the training stages of the models. Python programming language was used for both machine learning and deep learning, and Unix operating (AT&T Bell Laboratories, USA) system was utilized for data processing. Results: In the GSE129166 data set, the RF model obtained an accuracy rate of 0.89 in the validation set. The precision and recall of this model were determined as 0.88 and 0.92, respectively. The SVM model measured an accuracy rate of 0.88 in the validation set, and 0.87 in the test set. For the GSE85567 data set, the accuracy rate of the RF model in the validation set was measured as 0.73. For SVM, the accuracy rate in the validation set was measured as 0.70, while for DNN, it was measured as 0.75. Conclusion: The study conducted on the GSE85567 data set demonstrates that RF and SVM models exhibit high accuracy and performance. The DNN model, on the other hand, has a more balanced precision and recall rate, and is observed to be a significant alternative. Additionally, it is observed that the DNN model shows effective performance on the GSE129166 data set. Particularly, a high accuracy rate and a balanced precision-recall balance were observed in the validation set. It is concluded that all three models are suitable for patient-control classification in RNA-seq data.Publication Metadata only Pressure injury risk assessment in pediatric patients:Traditional review(Türkiye Klinikleri Yayınevi, 2024) N/A; Karadağ, Ayişe; Şimşek, Enes; Semerci, Remziye; School of Nursing; Graduate School of Health SciencesGünümüzde, basınç yaralanmaları ciddi bir sa ğlık sorunudur. Basınç yaralanmalarının önlenmesine ve tedavisine yönelik klinik uy- gulama kılavuzlarında çocuklar, basınç yaralanması gelişimi açısından yüksek riskli popülasyon olarak kabul edilmektedir. Çocuklarda basınç yaralanması gelişimini etkileyen risk faktörleri; vücudun anatomik ge- lişimini tamamlamaması, gestasyonel yaşın küçük olması, hastane yatış süresinin uzaması, beslenme bozukluğu, hemoglobin düzeyinde düşüş, doku perfüzyonunda bozulma, inatçı ateş, inkontinans, sürtünme ve yır- tılmaya maruziyet, cerrahi giri şim, mobilizasyonda bozulma ve t ıbbi araç kullanımıdır. Basınç yaralanmasını önlemede ilk strateji, geçerli ve güvenilir bir risk değerlendirme aracıyla, hastanın sistematik ve periyo- dik olarak değerlendirilmesidir. Bu sayede, basınç yaralanması gelişme riski yüksek olan hastalar belirlenerek, hemşirelik bakımı risk düzeyine uygun planlanabilir ve basınç yaralanmalarının gelişimi engellenebilir. Çocuk hastalarda, bas ınç yaralanması risk değerlendirmesi hastaneye yatıştan itibaren başlatılmalı ve taburculuğa kadar düzenli olarak devam etmelidir. Ayrıca mobilite ve duyusal algılamada problemi olan çocuk- larda risk de ğerlendirmesi, her gün en az bir kez yap ılmalıdır. Kronik hastalarda, risk skoru değişim göstermiyorsa haftada bir kez risk değer- lendirmesi yeterli olacaktır. Ancak hastanın klinik durumunda bir deği- şiklik olursa, risk de ğerlendirme s ıklığı yeniden planlanmal ıdır. Çocuklarda risk değerlendirmesi için birden fazla ölçek mevcuttur ancak bunlar arasında tıbbi araçlara bağlı basınç yaralanmalarını değerlendir- mesi, kullanım kolaylığı ve uygulama yaş aralığının geniş olması gibi nedenlerle Braden QD Ölçeği’nin kullanılması önerilmektedir./ ABSTRACT Globally, pressure injuries are a serious health problem. In clinical practice guidelines for the prevention and treatment of pressure injuries, children are considered a high-risk population for the development of pressure injuries. Risk factors for pressure injury in children are immature anatomical development, small gestational age, prolonged hospitalization, malnutrition, hemoglobin level decrease, impaired tissue perfusion, fever, incontinence, exposure to friction and tearing, surgical intervention, impaired mobilization, and use of medical device. The first strategy for preventing pressure injury is the systematic and periodic evaluation of the patient with a reliable and valid risk assessment tool. Thus, identifying patients at high risk of developing a pressure injury and nursing care planning in accordance with the patient’s risk level by nurses ensure minimizing the risk and providing cost-effective health care. In pediatric patients, pressure injury risk assessment should be initiated from hospital admission and continued regularly until discharge. In addition, risk assessment should be performed at least once a day in children with mobility and sensory perception problems. In chronic patients, risk assessment once per week will be sufficient if the risk score does not change. However, if there is a change in the clinical condition, the frequency of the risk assessment should be rescheduled. Although there are more than one risk assessment scales for children, it is recommended to use the Braden QD Scale among other scales due to its features for evaluating medical device-related pressure injuries, ease of use, and wide applicable age range.Publication Metadata only The effectiveness of the PRECEDE-PROCEED health promotion model to decrease fear, anxiety, and depression among healthcare workers during a pandemic: a quasi-experimental study(Türkiye Klinikleri Yayınevi, 2024) Madran, Bahar; N/A; Beşer, Ayşe; Ergönül, Önder; Koç University İşbank Center for Infectious Diseases (KU-IS CID); School of Nursing; School of MedicineObjective: The objective of this study is to evaluate the effects of interventions based on the PRECEDE-PROCEED Health Promotion Model on the level of fear, anxiety, and depression related to COVID-19 among nurses and porters during the first wave of the COVID-19 pandemic. Material and Methods: This study was conducted as a quasi-experimental study at a tertiary care pandemic hospital. Various interventions based on the PRECEDE-PROCEED Health Promotion Model were planned (education, personnel protective equipment support ... etc.) during the pandemic to de- crease anxiety, depression, and fear of COVID-19. All nurses and porters were invited to the study via e-mail during the COVID-19 pandemic (n=716). The effectiveness of these interventions was assessed using the \"Hospital Anxiety and Depression Scale,\" \"Fear of COVID-19 Scale,\" and \"COVID-19 Phobia Scale.\" Results: Four hundred fifty-one healthcare pro- fessionals agreed to participate in the study. All nurses and porters who were included in the interventions and completed both the pre-test and post-test were included in the analysis (n=87). The research initiatives are statisti- cally effective in reducing the level of fear (2.55 vs 2.10, p<0.001), anxiety (2.51 vs 2.11, p<0.001), and depression (2.44 vs 2.22, p<=0.010) spread among healthcare workers working during the COVID-19 pandemic. Conclusion: Hospital managers should plan simple and effective initiatives to increase the well-being of healthcare workers by reducing their anxiety, depression and fear levels during pandemics. The PRECEDE-PROCEED Health Promotion Model is one of the most effective models in planning these initiatives./ ÖZET Amaç: Bu çalışmanın amacı, koronavirüs hastalığı-2019 [coronavirus disease-2019 (COVID-19)] pandemisinin ilk dalgasında hemşire ve portörler arasında yayılan korku, anksiyete ve depresyon düzeyleri üzerinde PRECEDE- PROCEED Sağlığı Geliştirme Modeli’ne uygun planlanan araştırma girişimlerinin etkinliğini değerlendirmektir. Gereç ve Yöntemler: Çalışma 300 yatak kapasiteli bir pandemi hastanesinde, yarı deneysel araştırma esaslarına uygun olarak yürütülmüştür. Araştırma kapsamında sağlık çalışanları arasında yayılan korku, anksiyete ve depresyon düzeylerini düşürmek amacıyla PRECEDE-PROCEED Sağlığı Geliştirme Modeli esaslarına uygun bir dizi girişim planlanmıştır. COVID-19 pandemisinin ilk dalgasında hastanede görev yapan, girişimlere dâhil olan tüm hemşire ve portörler (n=716) eposta ile çalışmaya davet edildi. Araştırma girişimlerinin etkinliği, geçerliği ve güvenirliği sağlanmış “Hastane Anksiyete ve Depresyon Ölçeği”, “COVID19 Korku Ölçeği” ve COVID-19 Fobi Ölçeği” ile değerlendirilmiştir. Bulgular: Araştırmaya katılmak için 451 sağlık çalışanı gönüllü oldu. Planlanan girişimlere dâhil olan, ön-test ve son-testi tamamlayan 87 çalışanın verileri analize dâhil edildi. PRECEDE-PROCEED Sağlığı Geliştirme Modeli’ne uygun olarak planlanan girişimlerinin (eğitim, kişisel koruyucu ekipman desteği, izolasyon hazırlık alanlarının düzenlemesi, hastane yöneticilerinin günlük kat ziyaretleri vb.) COVID-19 pandemisinde görev yapan sağlık çalışanları arasında yayılan korku (2,55/2,10, p<=0,010) düzeyini istatistiksel olarak anlamlı derecede düşürdüğü tespit edildi. Sonuç: Pandemi döneminde sağlık çalışanlarının anksiyete, depresyon ve korku düzeylerini azaltarak; iyilik hâllerini artırmak için hastane yöneticileri araştırmacılar ve bakanlık yetkililerinin desteğini alarak basit ve etkili girişimler planlanmalıdır. Bu girişimlerin planlanmasında, PRECEDE-PROCEED Sağlığı Geliştirme Modeli en etkili modellerden biridir.Publication Metadata only Artificial intelligence and medical decision-making: Wind of change for medical malpractice liability and insurance?(Edward Elgar Publishing Ltd., 2023) N/A; Çelebi, Özgün; Buğra, Ayşegül; Law SchoolIn the field of health care, computing systems' extensive capabilities and ongoing improvements as to their autonomy raise the question of whether the patient's expectations from healthcare professionals and the corresponding rules regarding assessment of medical liability will and shall remain the same. This chapter attempts to analyse the impact of cognitive computing systems - regarded neither as a human-dependent medical device nor as an autonomous and trustworthy agent - upon medical malpractice and the development of an adequate insurance system. In particular, the chapter deals with the difficulties relating to the detection of the root cause of the misdiagnosis, the impact of the use of cognitive computer systems upon the standard of care expected from health practitioners, the interactions of the systems with the requirements regarding the patient's informed consent and the role of medical liability insurance upon patient safety and compensation. © Edward Elgar Publishing 2023.Publication Metadata only Brain lymphatic vessels accompanying meningeal arteries in the human(Elsevier GmbH, 2024) N/A; Çavdar, Safiye; Altınöz, Damlasu; Demir, Tevriz Dilan; Bayraktaroğlu, Acar; Gürses, İlke Ali; Özcan, Gülnihal; Koç University Research Center for Translational Medicine (KUTTAM); School of Medicine; Graduate School of Health SciencesIntroduction: Recent studies showed the connection between cerebrospinal fluid (CSF) and deep cervical lymph nodes (dCLN) via lymphatic vessels (LV)s. These LVs accompany dural sinuses, cranial nerves, and arteries. The present study aimed to show in addition to the main trunk of the middle meningeal artery (MMA) whether the anterior and posterior branches of MMA; the anterior (AMA) and posterior (PMA) meningeal arteries also have a role in brain lymphatic drainage in humans. Materials and method: Samples of the middle meningeal artery (MMA) and its two main branches (anterior and posterior), anterior and posterior meningeal arteries (AMA and PMA) were obtained from 3 cadavers and 6 autopsies. Podoplanin (PDPN) (lymphatic endothelial marker) and CD31 (vascular endothelial marker) immunohistochemistry (IHC) were applied to 5 μm thick transverse sections and counterstained with hematoxylin. Furthermore, western blotting techniques were applied to the same tissue samples in 3 autopsy cases to demonstrate the presence of PDPN. Results: We observed the presence of the LVs along the main trunk of MMA and its two branches, AMA, and PMA. The LVs along the MMA (main trunk) had a larger diameter range than its branches and the AMA and PMA. The diameter of LVs of the PMA was larger than AMA. Furthermore, fluid channels with varying diameters and densities were closely localized to the LVs. The western blot PDPN protein expression confirmed IHC results. Conclusion: The LVs along the main trunk, anterior and posterior branches of the MMA, AMA, and PMA also provide an extracranial pathway for thought drainage of waste from the brain tissue in humans. Thus, the organization of the extracranial transport of LVs of the brain should be well-defined for understanding the role of lymphatic drainage in various neurological diseases. © 2024 The AuthorsPublication Metadata only Histology and genetics of cancer of the papilla, distal common bile duct, and duodenum(Wiley, 2023) Xue, Yue; Reid, Michelle D.; N/A; Adsay, Nazmi Volkan; School of Medicine; Koç University HospitalN/APublication Metadata only Impact of earthquakes on lung health(AVES, 2024) Balbay, Ege Güleç; Balbay, Öner; Arbak, Peri; N/A; Kayalar, Özgecan; Dikensoy, Öner; Bayram, Hasan; Koç University Research Center for Translational Medicine (KUTTAM); School of Medicine; Koç University HospitalEarthquakes are catastrophic natural disasters that cause extensive damage to infrastructure and disrupt the lives of millions worldwide. Beyond the immediate physical and psychological damage caused by earthquakes, these events can significantly impact respiratory health. The inhalation of dust, smoke, particulates, toxic gases, and asbestos exposure can lead to various respiratory health patholo-gies. These include respiratory infections, exacerbations of pre-existing respiratory diseases, chest traumas, and pulmonary and venous thromboembolism. Longitudinal studies are necessary to assess the long-term respiratory health effects in affected populations. By addressing these knowledge gaps, future mitigation strategies and preparedness measures can be developed to minimize the respiratory health impacts of earthquakes and improve the well-being of affected communities. Robust building infrastructure and comprehensive earthquake preparedness are emerging as the most important determinants for not only mitigating building collapse but also significantly reducing the potential health impacts that follow. This comprehensive review aims to provide a systematic overview of the lung health impacts of earthquakes. It highlights the need for further research to identify specific pollutants, air contaminants, and environmental factors contributing to respiratory health issues following earthquakes. © 2024, AVES. All rights reserved.Publication Metadata only Dual transcriptomics data and detection of host-pathogen interactions(Elsevier, 2024) Eldem, Vahap; Çınar, Yusuf Ulaş; Çay, Selahattin Barış; Kuralay, Selim Can; Zararsız, Gökmen; Bakır, Yakup; Dikmen, Fatih; N/A; Kayalar, Özgecan; Koç University Research Center for Translational Medicine (KUTTAM); N/A; Koç University HospitalRecent developments in high-throughput sequencing-based transcriptomics have expanded our understanding of host-pathogen interactions over the course of infection. Taking advantage of high-resolution spatiotemporal transcriptomics, we can measure simultaneously the expression profile of coding and noncoding genes in both pathogen and host without the need to physically separate their cells or RNA. Through this approach, known as “dual transcriptomics” or “RNA-Seq,” a range of immunological, metabolic, and physiological changes can be identified in both pathogen and host by in-depth analysis of interspecies gene regulatory networks. For these reasons, dual RNA-Seq has emerged as the high-throughput method of choice for elucidating the molecular mechanisms underlying host-pathogen interactions, examining the genetic characteristics of key virulence genes, assessing whole-body pathogen load, and identifying potential pathways for therapeutic targets. In this chapter, we review the most recent theoretical and experimental progress in dual RNA-Seq studies, best practices in analyzing dual RNA-Seq data, emerging applications, and ongoing challenges. This chapter provides a good starting point for researchers interested in harnessing the potential of dual RNA-Seq. © 2024 Elsevier Inc. All rights reserved.