Research Outputs

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.14288/2

Browse

Filters

2019 - 201912020 - 20221

Advanced Search

Filter by

Settings

Indexed at: search.filters.indexed.TR DizinSubject: search.filters.subject.Proteins

Search Results

Now showing 1 - 2 of 2
  • Placeholder
    PublicationMetadata only
    Biomolecular solution X-ray scattering at n2STAR beamline
    (Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Department of Molecular Biology and Genetics; N/A; Department of Molecular Biology and Genetics; Department of Molecular Biology and Genetics; Department of Molecular Biology and Genetics; Göcenler, Oktay; Yenici, Cansu Müşerref; Kahraman, Kerem; Büyükdağ, Cengizhan; Dağ, Çağdaş; Undergraduate Student; Master Student; Undergraduate Student; Undergraduate Student; Faculty Member; Department of Molecular Biology and Genetics; Koç Üniversitesi İş Bankası Enfeksiyon Hastalıkları Uygulama ve Araştırma Merkezi (EHAM) / Koç University İşbank Center for Infectious Diseases (KU-IS CID); College of Sciences; Graduate School of Sciences and Engineering; College of Sciences; College of Sciences; College of Sciences; N/A; N/A; N/A; N/A; N/A
    Small angle X-ray Scattering (SAXS) is a method for determining basic structural characteristics such as the size, shape, and surface of particles. SAXS data can be used to generate low resolution models of biomolecules faster than any other conventional experimental structural biology tool. SAXS data is mostly collected in synchrotron facilities to obtain the best scattering data possible however home source SAXS devices can also generate valuable data when properly optimized. Here, we examined sample data collection and optimization at home source SAXS beamline in terms of the concentration, purity, and duration of data acquisition. We validated that high concentration, monodisperse and ultra pure protein samples obtained by size exclusion chromatography are necessary for generating viable SAXS data using a home source beamline. At least one hour is required to generate a feasible model from SAXS data, although longer data collection times do not always translate to higher resolutions. We show that with small optimizations during data collection and analysis SAXS can characterize properties such as oligomerization, molecular mass, and overall shape of particles in solution under physiological conditions. / Öz: Küçük açılı X-ışını Saçılımı (SAXS), parçacıkların boyutu, şekli ve yüzeyi gibi temel yapısal özellikleri belirlemek için kullanılan bir yöntemdir. SAXS verisi ile diğer geleneksel deneysel yapısal biyoloji araçlarından daha hızlı düşük çözünürlüklü biyomolekül modelleri hesaplanabilir. SAXS verileri, mümkün olan en iyi saçılma verilerini elde etmek için çoğunlukla senkrotron tesislerinde toplanır, ancak yerel kaynaklı SAXS cihazları da uygun şekilde optimize edildiğinde değerli veriler üretebilir. Burada, yerel kaynaklı SAXS ışın hattında numune veri toplama ve optimizasyonunu konsantrasyon, saflık ve veri toplama süresi açısından inceledik. Boyut dışlama kromatografisiyle elde edilen yüksek konsantrasyonlu, monodispers ve ultra saf protein numunelerinin, ev kaynaklı laboratuvar tipi ışın hattı kullanılarak uygulanabilir SAXS verilerinin üretilmesi için gerekli olduğunu doğruladık. Daha uzun veri toplama süresi her zaman daha yüksek çözünürlükler üretmez, ancak SAXS verilerinden uygun bir model oluşturmak için en az bir saat gereklidir. Ayrıca, hem veri toplama sırasında hem de daha sonra veri analizi sırasında küçük optimizasyonlarla SAXS, fizyolojik koşullar altında oligomerizasyon, moleküler kütle ve çözeltideki parçacıkların genel şekli gibi özellikleri belirleyebilir.
  • Placeholder
    PublicationMetadata only
    Elucidating structural details of ras-effector interactions
    (Marmara Üniversitesi, 2019) Özbabacan, Saliha Ece Acuner; N/A; Muratçıoğlu, Serena; PhD Student; Graduate School of Sciences and Engineering; N/A
    Small membrane-associated Ras proteins mediate a wide range of cellular functions, such as cell proliferation, migration, survival, and differentiation; through binding and activating numerous effectors. Constitutively active mutant Ras proteins are detected in various types of human cancer and Ras community seeks approaches other than small-molecule Ras inhibitors; such as targeting the protein-protein interactions in the downstream Ras effector pathways and preventing its membrane localization. Although the most studied effectors of Ras, i.e. Raf, PI3K and RalGDS, bind Ras through the same site, they elicit opposing signaling pathways and thus, the temporal and spatial decision of the cell among them is critical. Elucidating the structural details of Ras-effector interactions can help us understand the cell decision and target the protein-protein interactions precisely. However, only a few crystal structures of Ras in complex with an effector are deposited in PDB. Here, the 3D structures of Ras/effector complexes were modeled with the PRISM algorithm and important binding sites as well as hot spot residues on Ras were identified. The effectors were also classified according to the binding regions on Ras, to determine the competitive pathways and the binding regions other than the “effector lobe”. The modeled complexes reveal important information about the interfaces between Ras and its partners with the potential of guiding drug design studies to block oncogenic Ras signaling. / Hücre zarıyla ilintili küçük Ras proteinleri pek çok efektöre bağlanıp onları aktif hale getirerek hücre çoğalması, göçü, hayatta kalma ve farklılaşması gibi çeşitli hücresel işlevleri kontrol ederler. Ras üzerindeki mutasyonlar, yapısal olarak aktif proteine sebebiyet verir ve insandaki birçok kanser tipinde tespit edilmişlerdir ve Ras topluluğu Ras’ı hedef alan küçük moleküllü inhibitörler tasarlamak yerine Ras’ın efektör yolaklarındaki protein-protein etkileşimlerini hedef alarak Ras’ın zar üzerindeki lokalizasyonunu engellemeyi amaçlamaktadır. Ras’ın en çok çalışılan efektörleri, Raf, PI3K ve RalGDS, Ras’a aynı yüzeyden bağlanmasına rağmen karşıt sinyal yolaklarını ortaya çıkarırlar ve dolayısıyla hücrenin bu yolaklar arasındaki zamansal ve mekansal kararları kritik öneme sahiptir. Ras/efektör etkileşimlerinin yapısal detaylarını açığa çıkarmak, hücrenin karar mekanizmasını anlamamıza ve protein-protein etkileşimlerini hassas olarak hedeflememize yardımcı olabilir. Bununla birlikte, sadece birkaç Ras/efektör kompleksinin kristal yapısı PDB’de bulunmaktadır. Bu çalışmada, Ras/ efektör komplekslerinin 3 boyutlu yapıları PRISM algoritması ile modellenmiştir ve Ras üzerindeki sıcak nokta kalıntılarının yanı sıra önemli bağlanma bölgeleri belirlenmiştir. Efektörler ayrıca, rekabetçi yolları ve “efektör lobu” dışındaki bağlayıcı bölgeleri belirlemek için Ras’daki bağlayıcı bölgelere göre sınıflandırılmıştır. Modellenen kompleksler, Ras ve ortakları arasındaki arayüzeyler hakkında onkojenik Ras sinyal iletimini bloke etmek için ilaç tasarım çalışmalarına rehberlik etme potansiyeli olan önemli bilgiler ortaya koymaktadır.